Af Lennart S. Madsen
Den nye hertug
Efter valget var det kirkelige emner, der optog landdagen, og det blev tydeligt, at Christian valgte en forsig-tig kurs. Man vedtog at afvente en kommende ‘reformation’ i Danmark og i Tyskland, inden der blev truffet beslutninger om udviklingen i Hertugdømmerne. Bispetienden blev dog afskaffet, men forkyndelsen var endnu fri, dvs. at såvel det ‘nye’ som det ‘gamle’ måtte forkyndes i kirkerne! Klostrene kunne fortsætte, dog ikke tiggermunkeklostrene i byerne, der allerede var lukkede, og alt kirkens gods skulle forblive ved kirken!
Domkirken i Slesvig
Med biskop Gottschalk Ahlefeldt indgik Christian den aftale, at domkirkens katolske kannikker måtte bruge kirken til sang og messer (for lukkede døre) på hverdage, men om søndagen skulle der holdes luthersk evangelisk gudstjeneste. Kirkegods og religiøse klenodier, der var frataget stiftet, skulle gives tilbage til domkirken, men hertugen skulle have ret til at udnævne alle kommende præster! Aftalen sikrede, at domkirken udadtil virkede som før, men indeni var Reformationen stort set fuldt gennemført. Biskoppen residerede over en tom, katolsk skal.
Biskop Ahlefeldt satte nu sin lid til, at den katolske kirke i Danmark ville være stærk nok til at overleve, og at det indirekte ville betyde redningen for den katolske kirke i hertugdømmet. Men begivenhederne under Grevens Fejde og i 1536 viste, at han tog fejl. Reformationen blev på dramatisk vis indført i Kongeriget i 1536.
Slesvig mellem Pavekirken og Reformationen
Mens Reformationen officielt blev indført nord for Kongeåen, så blev det ikke tilfældet i Sønderjylland (på nær Ribe stift og Haderslev Len). Biskop Ahlefeldt af Slesvig (og hans kollega i Lübeck, der var biskop over Holsten) blev ikke arresteret eller afsat. Så mens stort set alle kirker i hertugdømmet, i by som på land, havde indført den evangelisk-lutherske udgave af kristendommen, så eksisterede Slesvig Stift med den katolske biskop under paven i Rom stadig.
Kong Christian 3.s plan var, at hans nye kirkeordinans skulle gælde overalt i hans riger, og når landdagen
i Hertugdømmerne havde vedtaget den, kunne han afsætte biskoppen i Slesvig (og i Lübeck) og dermed gennemføre Reformationen fuldt ud. Men han gjorde regning uden vært.
Det Slesvig-holstenske Ridderskab
En plattysk oversættelse af Kirkeordinansen af 1537 blev forelagt adelen i Hertugdømmerne til god-kendelse på landdagen i Rendsborg 1540. Kong Christian trak de to katolske biskopper ind i et sidelokale,
for at de ikke skulle påvirke diskussionerne mellem den slesvig-holstenske adels mange repræsentanter, mens hans allierede, sejrherren i Grevens Fejde, Johann Rantzau talte den nye tros sag. Der udspandt sig heftige ordvekslinger mellem de adelige. Nogle af de ældre riddere mente, at de efter døden ”gerne ville blive salige og derfor hverken ville eller kunne de gå ind for det nye!”
Til sidst bad Johann Rantzau de evangeliske adelige om at stille op bag ham, mens de katolske skulle stille op bag Wulf Pogwisch og Kay Rantzau. Et stort mindretal på 31 (hovedsageligt ældre) adelige - inklusive biskopperne - gik imod den nye tro! Da det inkluderede mange af Christians politiske støtter erkendte kongen, at han måtte udsætte Reformationen i Hertugdømmerne. Han lovede dog at tage fat på en reformation inden førstkommende jul.

Forsiden af den slesvig-holstenske kirkeordning fra 1542 - ‘Christlyke
Kercken Ordeninge de yn den Fürstendömen Schleswig Holsten etc.
schal geholden werdenn’.
Reformationen gennemføres officielt
Biskoppen af Slesvig bad dog om udsættelse til efter jul, så Helligtrekongers dag 1541 startede Christian 3. med lukningen af de store herreklostre som Ryd og Løgum. Et par uger senere, d. 25. januar, døde Gottschalk Ahlefeldt, og dermed den katolske kirke i hertugdømmet Slesvig. Men adelen nægtede stadig at anerkende den danske kirkeordinans. 1542 kom Bugenhagen derfor rejsende fra Wittenberg med en ny kirkeordinans, der kun havde gyldighed for Slesvig og Holsten. Den kunne ridderskabet godkende, og 9. marts 1542 var Reformationen også officielt fuldt gennemført i hertugdømmet Slesvig.